O SAJU- BAHIA foi fundado em 10 de maio de 1963, tomando como exemplo a entidade análoga e homônima da UFRS fundada na década de 50, também em funcionamento até hoje. Durante a ditadura militar, o SAJU ficou temporariamente sem funcionar, tendo sido reaberto no final da década de 80.
Ao longo dos diversos anos de sua existência sua estrutura foi sendo modificada, à medida que se modificavam as concepções políticas e sociais da instituição. Em 1989 o SAJU constitui-se como uma associação civil. No início da década de 90 o SAJU passou a abranger dois núcleos, além do Núcleo de Assistência, foi fundado o Núcleo de Assessoria Jurídica Popular (NAJUP).
O Núcleo de Assessoria serviu de base, ainda na década de 90, para o surgimento de Núcleos análogos em outras instituições de ensino superior pelo Brasil a exemplo do Núcleo de Extensão Popular- Pernambuco, além do SAJU- Ceará, entre outros. É nesse contexto que o SAJU Bahia passa a participar como um dos membros fundadores da Rede Nacional De Assessorias Jurídicas Universitárias, que busca articular os diversos projetos de extensionistas das Faculdades de Direito.
A última grande mudança institucional da entidade se deu em 2001, com a alteração do seu estatuto, ocasionando modificações estruturais importantes, como o fim da hierarquia entre os sajuanos e a organização da instituição em grupos de trabalho. Em 2018 o Estatuto foi reformulado, mas manteve os princípios e as finalidades do SAJU-Ba.
Atualmente a entidade permanece com os núcleos de Assistência e Assessoria, mantendo o atendimento de demandas individuais da população pobre de Salvador. Além disso o NAJUP trabalha com ocupações urbanas do Movimento Sem Teto da Bahia, com o assentamento Azimbo do Movimento Ceta, além de prestar assessoramento jurídico a comunidade quilombola do Rio dos Macacos. A entidade participa ainda, de forma esporádica de feiras e eventos de outros grupos extensionistas, onde presta informações ligadas ao judiciário buscando efetivar o direito do Acesso à justiça.
